转自CSDN，只是把其中比较关键的总结性回答列举一下。
备忘。
.net编译后的exe文件称为.net PE格式，有别于windows 一般PE文件：
（1）文件格式上，.net PE文件多增加了专有的.net首部
（2）.net PE文件为中间语言代码，可以反编译查看，需要本地化
（3）windows装载程序执行.exe时，如果发现.net首部，则将此文件转交clr执行，否则仍由OS管理。
15 楼chagel（Mike in Shanghai）回复于 2003-11-10 23:26:12 得分 0
.net 源程序代码经过Compiler编译后,产生托管模块,包含:
1.PE header
2.CLR header
3.Metadata
4.IL
对Windows DNA不是很熟,vs产生的exe应该含有PE header,及Native Code二进制代码.
显然Metadata描述了类型信息,CLR header供双击此模块JIT再次编译调用CLR时需要.IL是中间代码需要再次编译成CPU认识的机器代码.
关于托管和非托管代码,NGEN,JIT等见MSDN文摘:
[编写更快的托管代码：了解开销情况]
http://www.microsoft.com/china/msdn/library/dndotnet/html/fastmanagedcode.asp
另外.net程序装没有安装.net framework的机子上,通过预先将IL转换成机器码应该实现,这方面也已经有了第三方的软件. 另一种方法源自java,还记得把java中调用的类库,jvm.dll等打包部署到没有jre的客户端,理论是.net也应该可以实现,jre针对clr,Java类库针对FCL,通过对mscorlib.dll和核心类库的打包也应该可以实现吧,不过.Net Framework的类库管理机制及CLR运行机制远比Java复杂了。