常用linux对文件的基本操作——持续更新

# 提取指定的列
cat HD786_tumor.vcf| cut -d ';' -f 2 > HD786_tumor.plusmark.vcf
# 默认分隔符是制表位（	）
# 如果是1到4列：cut -f 1-4

# grep文本内搜索:同时满足多个条件
grep "323168*" NG19-GXH0818.tvsn.gt.vcf | grep "chr10" #使用管道命令

# 查看文件分割符是空格还是制表符：
sed -n l *.txt
# 如果是制表位（TAB），就会显示	, 如果是空格，就会原样显示。（sed中n后面的l是小写的L）

#提取指定行：
#!/bin/bash
for i in `find -name "*.prefix"` #查找prefix为后缀的所有文件
do
    echo $(basename ${i} .prefix) >> total.txt # 打印显示不带路径，后缀（prefix）的文件名称
    # shell提取文件指定行的内容:
    sed -n '1,2p' ${i} >> total.txt # 使用>>而不是>进行重定向，可以追加写入文件，而不覆盖之前的文件内容。
    # 使用追加重定向一定要注意，每次重新运行之前一定要删除之前的错误文件，不然一直追加。。。
done
# 结果为：
# NG19-GXH1039
# Total_Number_of_Sites   Number_of_Somatic_Sites %
# 1       0       0.00
# NG19-GXH1040
# Total_Number_of_Sites   Number_of_Somatic_Sites %
# 5       2       40.00
# NG20-GXH0020
# Total_Number_of_Sites   Number_of_Somatic_Sites %
# 3       0       0.00
# ……
# ……

# 批量删除没用的信息，只留有用信息
for dir in {$TEST,$TEST_1,$TEST_2,$TEST_3}
do
    cd $dir
    sed -e '/window/d'  $dir/nohup.out > $dir/nohup_1.out
    sed -e '/scan/d'  $dir/nohup_1.out > $dir/nohup_.out
    sed -e '/consumed/d'  $dir/nohup_.out > $dir/nohup_1.out  # 只留样本id以及结果
    sed -e '/load/d'  $dir/nohup_1.out > $dir/nohup_.out
    rm $dir/nohup_1.out
done

# 解压bz2文件（bzip2是一个压缩能力更强的压缩程序，.bz2结尾的文件就是bzip2压缩的结果。）
tar -xjf all.tar.bz2

# 对tar.gz文件的解压：

tar -zxvf filename

# 反引号的使用

显示文件夹及子文件夹的所有vcf文件，并且列出详细信息

ll `find -name "*.vcf*"`